La chiesa dell’Annunciata a Varese presenta una pianta rettangolare con abside rettangolare. La navata è illuminata da due aperture con vetrate policrome: la prima, in corrispondenza della facciata, rappresenta la stella del mattino; la seconda, in corrispondenza della parete sud, è dedicata alla madonna e riporta la dicitura «REGINA SANCTORUM OMNIUM». L’area presbiteriale è divisa dall’aula da due gradini e, ai lati, da due balaustre in marmo marrone. La balaustra di sinistra, tenendo le spalle all’ingresso, ospita l’ambone. Dietro il nuovo altare in pietra bianca, nera e marrone si trova l’antico altare policromo in marmo. Sulla parete di fondo un affresco a effetto trompe l’oeil ritrae un finto altare in pietra con due figure angeliche, in mezzo al quale si trova una pala raffigurante l’Annunciazione. Sulla volta una cornice affrescata contiene la figura di un putto alato che regge una corona di fiori. L’aula è dotata di un controsoffitto in vetro policromo che raffigura in alto la figura della Madonna con in braccio il Bambino in mezzo a tre angeli in preghiera. Più in basso si trova la figura di Paolo VI con, sullo sfondo, la Basilica di San Pietro a Roma e il Duomo di Milano. Sulle pareti si trovano quadri raffiguranti la Via Crucis realizzati dall’artista Trento Longaretti. La chiesa è caratterizzata da un sobrio apparato decorativo: le lesene che scandiscono le pareti dell’aula presentano una finitura grigia mentre le restanti superfici una finitura gialla. Le pareti dell’area presbiteriale hanno invece una finitura rosa, fatta eccezione per le cornici bianche. Il perimetro interno è caratterizzato da una bassa zoccolatura in pietra grigia.
Alla chiesa si accede grazie a una scalinata che ha origine dal sagrato del Santuario di Santa Maria del Monte e, di conseguenza, la struttura è priva di uno spazio esterno ad essa dedicato. La facciata principale segue un profilo a capanna ed è dotata di un portale trilitico in pietra. Quest’ultimo è composto da sei vetrate policrome che raffigurano elementi presenti nelle invocazioni alla Madonna delle Litanie lauretane, tra cui la «rosa mystica» e la «turris eburnea». Più in alto è presente una vetrata rettangolare che illumina la navata interna, dotata di grate metalliche. Le superfici della facciata sono rivestite da un intonaco con una finitura bianca.
1670 – La chiesa fu edificata su un nucleo più antico tra gli anni ’70 e ’80 del XVII secolo, accanto al Monastero di Santa Maria del Monte, con cui è ancora oggi comunicante.
1989 – Nel 1989 vennero realizzate le vetrate policrome delle finestre, del portale di accesso e del controsoffitto.
2019 – Nel 2019 la copertura ha subito un rifacimento.