La chiesa presenta un’aula unica a pianta rettangolare con coro quadrangolare, è coperta da capriate in legno decorate e soffitto con assito in legno decorato che segue il profilo delle falde. Entrando a destra, intercalati da tre oculi, si trovano due altari sopraelevati contenenti le statue di San Cristoforo e del Santo Crocifisso. Dall’altro lato dell’aula, in maniera speculare, sono presenti i simulacri del Sacro Cuore di Cristo e dell’Addolorata. Ai lati dell’arco trionfale che immette nel presbiterio si trovano due nicchie contenenti a destra San Sebastiano e a sinistra la statua di San Giuseppe. Sulla parete terminale del coro, in una nicchia a metà altezza, con l’interno interamente rivestito in mosaico dorato, è conservato il simulacro della Maria bambina. Sotto a questo si trova un tabernacolo con sottostante struttura in marmi policromi. Il pavimento dell’aula è in medoni di cotto rifatto nel 2000 mentre il pavimento del presbiterio è in piastrelle di graniglia e marmo lucido nella predella dell’altare e nei gradini sottostanti il tabernacolo.
La facciata, realizzata in stile neogotico alla fine dell’800, è interamente in mattoni a vista con profilo a salienti e corpo centrale leggermente avanzato. Il portale, con lunetta recante la scritta “D.O.M. ET S. SEBASTIANO M.”, è sormontato da una slanciata cuspide, sempre in mattoni, con al centro quattro bacili ceramici disposti a croce. La facciata culmina con una croce in cemento.
XVI sec. – La chiesa della Nizzolina risulta esistente in documenti del XVI secolo.
1895 – La facciata viene realizzata nel 1895 su disegno dell’architetto Camillo Crespi Balbi di Marnate.
2000 – Attorno al 2000 vengono eseguiti interventi di restauro sull’edificio.