La chiesa della Natività di Maria di Varese, comunemente nota come Madonnina in prato, è un edificio ad aula unica con due cappelle laterali e abside semicircolare. Entrando a destra si incontra la cappella dedicata a S. Carlo. Di pianta semicircolare, essa ospita una tela raffigurante il Santo realizzata dall’artista Lampugnani inserita in un altare dorato. Dello stesso autore sono gli affreschi alle pareti che raffigurano episodi della vita del Santo, risalenti al 1619 come riportato da una dicitura nell’angolo sinistro della cappella. Qui troviamo anche la rappresentazione delle quattro virtù cardinali: fortezza, prudenza, giustizia e temperanza. Specularmente, sulla parete di sinistra entrando nella chiesa, si trova la cappella dedicata alla Madonna che ospita una tela quattrocentesca dedicata a Maria con il Bambino. Quest’opera è inserita in un altare dorato ed è contornata da una ricca cornice in stucco con angeli. Gli affreschi sulle pareti raffigurano la strage degli innocenti e sono opera di Antonio Busca. L’area presbiteriale è separata dall’aula da una balaustra in marmo. Dietro al nuovo altare in legno si trova l’antico altare in marmo policromo. Sulla parete sinistra del presbiterio, tenendo le spalle all’ingresso, è affrescata la Natività della Vergine. Nel coro, dietro l’altare maggiore, si riconoscono le figure del profeta Daniele, a sinistra, e del profeta Isaia, a destra. Sulla cupola un affresco con l’Assunzione della Vergine opera di Carlo Francesco Nuvolone. Ai lati della balaustra del presbiterio si trovano le figure affrescate di S. Alessandro e S. Difendente, a destra, e di S. Maurizio e S. Vittore, a sinistra. La navata è illuminata grazie a tre vetrate policrome. Le due collocate sulle pareti laterali raffigurano la Sacra Famiglia e l’Annunciazione. La terza si colloca sulla facciata e raffigura Maria con il Bambino. Le superfici interne della chiesa sono quasi del tutto affrescate, grazie anche a scoperte avvenute durante le ultime operazioni di restauro.
La chiesa presenta una facciata a capanna dotata inferiormente di un portico a pianta rettangolare e di tre volte a crociera. I lati minori sono dotati di un semplice varco trilitico mentre il lato principale è caratterizzato da tre varchi: due trilitici ai lati e uno ad arco a tutto sesto al centro. Quest’ultimo è sostenuto da due colonne a sezione circolare e da due telamoni in pietra e presenta in chiave una decorazione con un viso angelico. La chiesa è dotata di tre portali di accesso di cui due, quelli laterali, sono dotate di un portale superiormente caratterizzato da linee curvilinee e da una decorazione che richiama una conchiglia. Il portale centrale è decorato da un portale con timpano spezzato e un affresco raffigurante la deposizione di Gesù. La porzione superiore della facciata è scandita da quattro lesene con un capitello che richiama lo stile ionico e dotato di un motivo floreale. Negli sfondati laterali due nicchie ospitano le statue dei Santi Pietro e Paolo; quello centrale è caratterizzato da una vetrata policroma rettangolare contenuta in un’elaborata cornice dotata inferiormente di una balaustra in pietra e superiormente da festoni floreali e da uno stemma con un viso angelico. Un simile motivo a festone si trova negli spazi tra le lesene. La facciata termina superiormente con una balaustra in pietra dotata, a partire dagli estremi, da due statue di angeli musicanti, da due elementi decorativi a fiaccola e, al centro, da una statua raffigurante la Madonna. Tutte le superfici presentano un sobrio rivestimento a intonaco.
XVI – La chiesa fu edificata nel XVI secolo nel luogo in cui sorgeva un luogo di culto più antico.
1667 – Nel 1667 Antonio Busca realizzò un ciclo di affreschi che decora gli interni della chiesa.
1678 – Tra il 1678 e il 1686 la chiesa fu dotata della sua facciata barocca.
1722 – Il campanile fu costruito nel 1722 su progetto di Giovanni Antonio Speroni.
1987 – Tra il 1987 e il 1990 la chiesa fu restaurata esternamente. Si operò sulla copertura, sul campanile, sul tiburio e sulla facciata.
1995 – Nel 1995 vennero restaurate le superfici interne e gli affreschi.