La chiesa della Beata Vergine in San Lorenzo è il risultato dell’accostamento di diverse cappelle, situazione che le conferisce un’organizzazione particolare degli spazi interni. La porzione centrale dell’edificio, costituita dalla cappella realizzata nel 1717, funge da navata centrale. Essa presenta una bussola di ingresso in legno con organo ed è voltata a botte, con coro quadrato voltato a crociera. Dietro una balaustra in marmo, un altare in marmo ospita la statua in legno della Madonna dell’Apocalisse, racchiusa in una teca di vetro e incorniciata da un apparato architettonico interamente dipinto. Ai lati dell’altare in legno, tenendo le spalle all’ingresso, a sinistra si trova un affresco raffigurante S. Giacomo Minore del 1904 del pittore Napoleone Grandi, a destra un pulpito sospeso in legno. Sulle pareti, dietro un altare ligneo risalente al 1997, si trovano due tele raffiguranti S. Paolo e S. Camillo de Lellis realizzate da Mario Bogani e inserite in cornici decorate a stucco. La volta del coro è caratterizzata da un affresco reso visibile da un restauro condotto nel 1994. La navata risulta decorata da stucchi con motivi floreali ed angeli, da cornici che ornano le lesene e i profili delle volte, da una fascia in finto marmo rosa al di sotto dell’imposta della volta e da affreschi raffiguranti finte finestre in corrispondenza delle lunette della volta. Quest’aula centrale è separata da due ambienti laterali da un’arcata per parte e da quattro gradini discendenti. Tenendo le spalle all’ingresso, a sinistra si trova la cappella più antica del complesso, dedicata all’Immacolata Concezione. Dietro una balaustra in marmo, un altare in marmo ospita una teca in vetro a protezione dell’affresco raffigurante la Beata Vergine del latte, commissionata a ignoto nel 1497 da un abitante del paese. La cappella, progettata da Isidoro Bianchi da Campione, ospita affreschi probabilmente appartenenti alla sua scuola: alle pareti la natività e la presentazione di Gesù al tempio, sulla volta a botte l’Immacolata Concezione con la Madonna seduta sulle nuvole e sorretta da angeli. La parete che divide la cappella dall’aula è decorata con un affresco rappresentante la visita di S. Carlo al santuario nel 1574 dipinto da Pietro Busnelli nel 1945. Specularmente, quindi a destra della navata centrale tenendo le spalle all’ingresso, troviamo la Cappella di S. Giuseppe, l’ambiente più recente della struttura risalente al 1873. Dietro una balaustra in marmo un piccolo altare in marmo sostiene una nicchia ospitante la statua del santo, incorniciata da un finto altare affrescato. Ai lati della cappella troviamo un dipinto su tela di S. Giuseppe Benedetto di Mario Bogani del 1959 e, a destra, un affresco staccato raffigurante la Madonna con Bambino precedentemente collocato in una cascina bergamasca. Nella cappella sono presenti anche due affreschi raffiguranti S. Giuseppe realizzati nel 1945 da Pietro Busnelli.
La chiesa di San Lorenzo a Guanzate deriva dall’accostamento di tre nuclei differenti che sono stati realizzati in diversi periodi storici, di cui il più antico fu costruito a nord, ovvero a sinistra del prospetto. Anche esternamente l’edificio dichiara la sua storia e sono identificabili sulla facciata principale tre porzioni corrispondenti alle tre fasi costruttive. Tutte e tre presentano un profilo a capanna con timpano triangolare e le loro facciate sono scandite da lesene e fasce marcapiano dal colore grigio chiaro. La porzione centrale, che costituisce oggigiorno la navata centrale, è caratterizzata esternamente da un portico composto in facciata da tre archi a tutto sesto con colonne in granito. Il portale di ingresso, al quale si accede grazie a tre gradini, è in bronzo e descrive la storia degli Arcivescovi di Milano. Al di sopra della soglia tre lunette affrescate raccontano episodi della vita di Maria. Nella fascia al di sotto del timpano centrale si trova la frase “B. Mariae Virgini Dicatum” e in sommità una croce metallica.
XI – La chiesa dedicata a San Lorenzo, edificata in un’area che nell’antichità era quasi sicuramente dedicata al culto di divinità pagane, tra il XI e il XII secolo subì un totale rifacimento.
1497 – Nel 1497 venne commissionato da un ignoto un affresco della Beata Vergine del latte, probabilmente come tentativo di contrasto al decadimento che l’edificio aveva subito nel tempo.
1574 – Nel 1574, a seguito della visita pastorale di San Carlo Borromeo, venne decretata, senza poi essere eseguita, la demolizione della chiesa in quanto abbandonata e in stato di degrado avanzato.
1661 – Nel settembre 1661 fu benedetta la ricostruita cappella maggiore intitolata all’Immacolata Concezione, progettata da Isidoro Bianchi da Campione, alla cui scuola sono da ricondurre gli affreschi al suo interno.
1680 – Nel 1680 circa venne costruito il viale di accesso al Santuario.
1717 – Nel 1717 la chiesa fu ampliata inglobando l’antica cappella contenente l’affresco della Madonna del latte che fu ristrutturata e ampliata.
1818 – Nel 1818 fu aggiunto l’ingresso ad esedra della Via Crucis con le statue dei profeti maggiori: Isaia, Geremia, Ezechiele e Daniele. Nello stesso anno il viale di accesso al santuario fu arricchito con 14 cappelle della Via Crucis.
1873 – Nel 1873 venne edificata la cappella dedicata a S. Giuseppe e si aprirono i varchi di collegamento con le altre due cappelle. I tre corpi di fabbrica furono uniformati esternamente per ottenere la conformazione attuale.
1885 – Nel 1885 l’organo viene sottoposto a un rifacimento totale da parte di Pietro Bernasconi.
1945 – Nel 1945 Primo Busnelli realizzò un ciclo di affreschi. All’interno vi sono le figure di S. Giuseppe e di S. Carlo in visita alla chiesa, all’esterno, in corrispondenza dell’ingresso principale, si trovano episodi della vita di Maria.
1994 – Nel 1994 si realizza una campagna di restauro degli interni.
1997 – Nel 1997, in occasione del quinto centenario del santuario, lo scultore Mario Toffetti realizzò il portale in bronzo raffigurante la storia dei Pastori della Chiesa Ambrosiana.
1997 – Nel 1997 si procede a un restauro esterno delle facciate e della copertura.
2010 – Nel 2010 si restaura l’organo.