l’edificio è a pianta rettangolare scandita alle pareti da tre lesene dalla cui sommità partono i costoloni a separazione della copertura con volte a botte e centralmente a crociera. La zona del presbiterio è rialzata rispetto alla navata e ospita l’altare in legno a contorno del dipinto della Madonna miracolosa. Il soffitto ripropone una volta centrale a crociera e due laterali a botte. Tutta la pavimentazione della chiesa è realizzata in pietra. Internamente, sul muro di destra, si trova la lapide commemorativa con una tacca indicante l’altezza delle acque durante l’esondazione del Ticino del 2 ottobre 1968, che la tradizione popolare vuole essere stata fermata proprio dalla Madonna.
La facciata è molto semplice con lesene di ripartizione, fascia marcapiano e timpano tutti tinteggiati di colore grigio a contrasto del restante paramento murario tinteggiato in colore rosa. Sul tetto a capanna con manto in laterizio si eleva il piccolo campanile a vela con due campane
1815 – al termine delle dominazioni napoleoniche, Antonio Vitali, proprietario del cascinale settecentesco posto nella vallata del Ticino, costruisce la chiesetta per meglio sopperire alle esigenze religiose degli abitanti in loco. La motivazione per la costruzione di questo luogo di culto era da ricercarsi nella volontà di proteggere un’antica immagine della Madonna, alla quale la popolazione locale tributava venerazione in virtù di un miracolo avvenuto poco prima che aveva visto un carro trainato da cavalli, precipitato nel Ticino per il cedimento del ponte su cui transitava e che poi miracolosamente aveva riguadagnato la riva dopo la caduta, senza danni a cose o persone
1816 – il 4 marzo la cappella viene aperta al pubblico ed il 24 marzo viene solennemente inaugurata
1868 – il 2 ottobre la chiesa viene colpita da una forte inondazione del fiume Ticino. L’adiacente cascinale viene evacuato ma la chiesa inspiegabilmente non subisce danni
1896 – il parroco Antonio Tavella commissiona un quadro per ricordare la costruzione della chiesa: vi è evidenziata la scena del miracolo avvenuto a seguito del cedimento del ponte del Ticino, sovrastata dall’immagine protettrice della Madonna dell’Acquanera
1901 – la chiesa diviene proprietà dei fratelli Magnaghi di Marcallo ed il pittore Calacaterra di Cuggiono interviene tinteggiando tutta la chiesa. Successivamente viene costruito il campanile a vela dotato di due campane. Internamente viene sostituito il vecchio altare con il nuovo in legno scolpito e dorato, opera dello scultore bresciano Onorato Ferrari di Ponte di Legno e vengono posizionate due tele laterali all’altare, opera di due autodidatti locali: Costantino Garavaglia e l’architetto Motta
1939 – durante la seconda guerra mondiale la chiesa viene adibita a prigione per i tedeschi
1975 – con atto notarile del 22 maggio la chiesa viene donata alla parrocchia di Boffalora sopra Ticino che provvede al rifacimento della pavimentazione della navata ed al restauro del dipinto posto sull’altare