La prima citazione della antica chiesa di Maria in Saronno risale al 1169 in un documento di papa Alessandro III che menziona la chiesa saronnese tra quelle sottoposte alla pieve di Nerviano senza però svelare nulla sull’origine della chiesa.
Alla fine del XIII secolo è datato l’insediamento della prima comunità dei francescani nella sede parrocchiale di s. Pietro (oggi s. Francesco) collocata fuori dall’abitato.
La presenza di due enti religiosi diede origine ad una secolare controversia tra il clero secolare (curato) e quello regolare (i frati) perché il primo mantenne il diritto di celebrare le funzioni sull’ altare maggiore di S. Pietro, divenuta sede conventuale.
Tale contrasto fu risolto d’autorità dal card. Carlo Borromeo, che decise, durante la visita pastorale del 1570, di trasferire il titolo di S. Pietro alla chiesa di S. Maria, a cui venne aggiunto poi anche il nome di S. Paolo.
Nel contempo alla chiesa dei frati francescani fu imposto il nome di Chiesa di San Francesco.
Scarsissime sono le notizie sulle forme della chiesa di S. Maria: una scarna indicazione viene dai verbali delle visite pastorali che iniziarono solo dopo il concilio di Trento (1563) dai quali si apprende che S. Pietro in S. Maria « …conservava ancora linee architettoniche in stile lombardo costruita in una sola navata, soffittata in legno, com pavimento di mattoni…..nella facciata, ad occidente, senza atrio con una porta d’ingresso, si apriva una finestra tonda nel centro e due finestre ai lati. a destra della chiesa il campanile…”. Verosimilmente si può pensare che l’edificio presentasse una sovrapposizione di elementi architettonici e stilistici diversi succedutisi nel corso del tempo.
Nel 1721 la chiesa dei ss. Pietro e Paolo furono elevati alla dignità di prepositurale.
Nel 1761, a seguito della visita pastorale del card. Pozzobonelli, cominciò a sorgere la necessità di una chiesa più ampia e al tempo del prevosto G.A. Bianchi (1764-1796) si concretizzò il progetto di una ricostruzione della chiesa che coinvolse le istituzioni e la comunità saronnese fino ai primi decenni del ‘900.
Interessante notare che si contrapposero due opzioni: da una parte l’idea di recuperare l’uso della chiesa di S. Francesco, con una spesa contenuta (lire 1500); dall’altra il sogno di una chiesa nuova adeguata ai 3000 abitanti della Saronno di allora, con un costo stimato in lire 30.000. alla fine prevalse il progetto di una chiesa nuova e già il 23 aprile del 1773 fu stilato il progetto a firma dell’arch. Galliori.
Ma l’attuazione non fu immediata: il confronto si protrasse fino al 1776 e coinvolse persino il ministro plenipotenziario conte Firmian che ritenne opportuno consultare il card. Pozzobonelli il quale rispose il 30 luglio 1776, segnalando che in base ai decreti tridentini, si sconsigliava l’unione di una chiesa retta da un ordine regolare con una assegnata al clero secolare.
Finalmente i lavori iniziarono il 7 aprile 1778. Intanto era stato interpellato addirittura l’architetto Piermarini che, giunto a Saronno, aveva lodato il progetto Galliori e il sito della nuova costruzione, il cui valore era lievitato a lire 60.000.
Nel corso dell’ottocento fu collocato, in chiesa, l’organo Serassi che trovò la sua sistemazione definitiva nel 1882, sulla tribuna di fianco all’altare.
Il nuovo prevosto Villa (1861-1885) completò i due altari laterali nella rispettiva cappella del Crocifisso e della Madonna, mentre al tempo del prevosto Guidali (1886-1913) si ripropose l’urgenza di un nuovo ingrandimento della chiesa considerando l’incremento della popolazione.
Grazie alla determinazione del parroco giunse a realizzare il progetto di ampliamento a firma dell’ing. Cantu’ che aveva rielaborato un precedente progetto a firma dell’ing. Scalini.
Il 22 ottobre 1904 il beato card. Andrea Ferrari, dopo la sistemazione definitiva, presiedeva la solenne cerimonia della consacrazione della chiesa dei ss, Pietro e Paolo in Saronno.
Il 19 marzo 1979 il card.Giovanni Colombo consacrava il nuovo altare marmoreo orientato verso i fedeli secondo le disposizioni dettate dai decreti conciliari del Vaticano II.
Giungeva così al termine la lunga e contrastata storia della chiesa dei SS. Pietro e Paolo, prepositurale di Saronno.
1772 – L’attuale chiesa prepositurale di Saronno risale alla fine del XVIII e sorge sull’area della precedente chiesa dedicata a S. Maria Assunta (poi S. Pietro). L’impianto originario a croce greca è di Giulio Galliori.
1821 – Progetto per dotare la prepositurale di un organo adeguato all’accompagnamento delle funzioni religiose. Lo strumento, collocato su una apposita tribuna sulla controfacciata fu realizzato dalla ditta Saeassi di Bergamo. Nel corso dell’ottocento fu spostato e a ridosso dell’altare maggiore, riformato ed aggiornato.
1902 – Dopo decenni di idee e proposte a riguardo, la chiesa viene ampliata agli inizi del novecento allungandola verso la piazza ad opera dell’ing. Paolo Cantù.
1904 – La chiesa viene ufficialmente inaugurata il 22 ottobre del 1904 dal card. Ferrari.
1923 – Pio XI concede alla chiesa il titolo di “aggregata alla Basilica Vaticana”.
1926 – Il progetto pittorico-decorativo è iniziato nel 1926 sotto la direzione degli architetti Mainetti e Tettamanzi per volontà di mons. Croci.
1979 – Il cardinale Colombo consacra la nuova mensa eucaristica voluta da mons. Ronchi e realizzata su progetto del pittore Rossi da due ditte (di Bergamo e di Bollate) in marmo nero con intarsi di occhialino e broccatello, riprendendo motivi ornamentali e materiali del retrostante altare maggiore che viene conservato.
1985 – Viene costruita una rampa sul lato destro delle chiesa per superare il dislivello esistente.
1995 – Progetto non realizzato di un ulteriore adeguamento liturgico del presbiterio a cura dell’arch. Alberto Sala; arredi fratelli Broggi – Cantù.
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