L’edificio, in chiaro stile romanico, presenta suddivisione interna a tre navate, con quella centrale di maggiore larghezza rispetto alle laterali.
La presenza delle tre navate è scandita da pilastri a base quadrata.
La struttura è in pietra viva faccia a vista, priva di qualunque tipo di rivestimento.
Le tre navate terminano con altrettante absidi.
L’intera zona presbiteriale è sopraelevata di tre gradini rispetto al resto dell’aula. Il soffitto si caratterizza per un duplice sviluppo.
Nella parte dell’aula si riscontra infatti la presenza di capriate.
Il soffitto della zona presbiteriale si caratterizza invece per le volte a crociera.
L’ampia facciata, anch’essa in pietra viva a vista, possiede forma a capanna ed è suddivisa internamente da lesene.
1000 – La chiesa dei Santi Gottardo e Colombano di Arlate ha una fondazione molto antica, sebbene non si conosca la data esatta della sua costruzione. Faceva originariamente parte del monastero annesso.
1610 – In occasione della visita del cardinale Federico Borromeo ad Arlate nel 1610 risulta che la chiesa fosse in condizioni precarie. Dalla relazione della visita pastorale del cardinale Giuseppe Pozzobonelli nel 1754 la chiesa di Arlate è invece ammirata per il nuovo impianto e gli altari seicenteschi. Tra le due date indicate l’edificio è stato dunque oggetto di un intervento di ristrutturazione e risanamento.
1967 – Al termine del 1967 l’architetto don Gaetano Banfi venne chiamato per predisporre l’adeguamento liturgico del presbiterio. In quell’occasione si decise che la chiesa venisse interamente restaurata.
1990 – Nel 1990 il tetto della chiesa ha subito un intervento di manutenzione straordinaria e ristrutturazione.