a chiesa, posta nella località Fontanella, costituisce un esempio di architettura romanico; la facciata in pietra, è divisa in tre settori, di cui il centrale più alto e avanzato rispetto ai laterali e presenta centralmente un portale sormontato da una finestra ad arco che illumina la navata. Sopra il portale vi è una finestra circolare strombata. Nei settori laterali sono posti gli ingressi secondari e due monofore. Conclude la facciata una copertura a due spioventi. La chiesa presenta uno schema basilicale costituito da tre navate, separate da colonne, con copertura a capriate e un transetto. Nella zona presbiterale, le tre absidi sono preceduta da tre campate quadrangolari comunicanti coperte da volta a crociera. La pavimentazione è in pietra nella zona delle navate e presenta un lieve sopralzo in corrispondenza del transetto, altri due gradini per l’accesso al presbiterio e un ulteriore gradino per l’accesso al coro. La successione delle colonne e delle arcate a tutto sesto ottiene effetti di solennità ed eleganza cui si aggiunge il senso della verticalità indotto dagli alti muri della navata centrale; alcuni grandi conci in pietra arenaria perfettamente squadrati prospettano ornamenti e figure geometriche (forse emblemi di corporazioni alle quali appartenevano le maestranze addette ai lavori di costruzione della navata).Le tre navate coperte da un tetto sorretto da capriate lignee, sono avvolte nella penombra. La luce del giorno penetra da pochi ed esigui spiragli quali l’oculo, il lunotto e le finestrelle. Le due navate laterali, coperte da un sistema di volte in muratura e con pareti povere, composte da pietre irregolari, erano un tempo intonacate ed affrescate, come del resto le pareti delle absidi. Funge da transetto lo spazio sopra il quale s’innalza il campanile, sorretto da quattro pilastri posti sulla linea delle campate delle colonne. Due di essi sono cruciformi; gli altri due, per ragioni statiche, sono in gran parte incorporati nella struttura muraria del presbiterio. Si accede a due bracci del transetto attraverso due arcate sostenute da una colonna. Il presbiterio, ricavato dal transetto della primitiva chiesa, possiede le volte a crociera, come il transetto, mentre un soffitto a botte ricopre il coro. Le sottili colonne monolitiche, si slanciano agili fino a i capitelli, di foggia diversa, raggiungendo le arcate mediante pulvini a piramide tronca rovesciata
1080 – il 13 gennaio viene firmato l’ atto di fondazione del priorato di S. Egidio in località Fontanella da parte di Alberto di Prezzate; successivamente iniziarono i lavori di costruzione di una piccola chiesa e dell’annesso monastero
1130 – il primitivo edificio viene ampliato
1320 – causa le continue lotte fra
1655 - nella seconda metà del secolo la chiesa torna in possesso della diocesi bergamasca, diventando parrocchia del distretto; viene costruita, addossata al lato nord della chiesa, un sacrestia con un portico e, staccata ma prospiciente la facciata, una cappella per i morti della peste manzoniana
1910 - gli edifici del priorato vengono restaurati
1910 - il cono cestile di copertura del campanile fu rifatto integralmente nel in mattoni sagomati di terracotta. Esso è attorniato sui quattro spigoli da altrettanti pinnacoli
1964 - convenzione tra il vescovo di Bergamo Clemente Gaddi e il priore della provincia lombardo-veneta dei frati Servi di Maria, Andrea M. Cecchin, per l'insediamento in S. Egidio di una comunità di frati, guidati da fra David M. Turoldo; inizio dell'attività del "Centro di studi ecumenici Giovanni XXIII"; la chiesa e parte della costruzione monastica occupata dalla comunità dei frati vengono risistemate e restaurate per consentire la ripresa di un'esperienza religiosa di preghiera, studio e lavoro
1998 - con decreto del 18 maggio del vescovo di Bergamo Roberto Amadei, "la chiesa di Sant'Egidio viene sottratta alla giurisdizione della parrocchia del S. Cuore di Gesù e Sant'Egidio di Botta di Sotto il Monte e viene costituita "Cappella vescovile" posta sotto la immediata giurisdizione del vescovo pro-tempore di Bergamo", che nomina un rettore della chiesa
1998 - la chiesa è sottoposta ad un generale intervento di restauro: vengono avviati lavori di consolidamento strutturale e di rifacimento dei tetti, di rinnovo degli impianti, di restauro e pulitura degli affreschi