Edificato a sud della vicina basilica, ne condivide le tecniche costruttive. Presenta una pianta poligonale mistilinea, con due lati occupati dall’abside al livello inferiore. Presenti nella parte sommitale una serie di archetti sormontati da fornici. Due accessi, uno principale e uno rivolto verso la basilica permettono l’ingresso nell’unico ambiente. Una serie di strette monofore poste nella parte alta della muratura danno luce all’interno dove si trovano diversi lacerti di affreschi di epoche diverse e, al centro, un fonte battesimale a immersione. La sommità della copertura è coronata da una croce metallica.
1000 – Viene edificato il battistero contestualmente alla vicina basilica.
1578 – Durante la visita pastorale compiuta da san Carlo Borromeo viene trovata, smontando l’altare, una capsella reliquiaria composta da tre contenitori di diverso materiale e fattura di probabile origine orientale (VI-VII).
1759 – Il battistero viene collegato con la basilica con un andito di passaggio in occasione dei lavori condotti da l prevosto Pier Francesco Curioni. Attestato dalla visita Pozzobonelli.
1892 – Durante i restauri condotti da Luca Beltrami, Giuseppe Moretti e Luigi Perrone la struttura viene isolate e indagato l’interno.
2006 – Restauro degli afreschi raffiguranti il “Compianto di Cristo” e “S.Onofrio”.
2015 – Vengono rifatte le coperture di Basilica e Battistero.
2016 – Restauro degli affreschi sul lato nord.