La chiesa, orientata, si presenta anticipata da un ampio sagrato acciottolato e circondata da altri corpi di fabbrica.
La facciata principale a capanna è interamente in cotto, come gli altri esterni, e scandita nella tripartizione interna da possenti contrafforti murari, dei quali i due centrali sormontati a metà sviluppo da semicolonne sempre in muratura.
Al di sopra del portale centrale architravato con lunetta mosaicata superiormente, si aprono tre monofore fortemente strombate e al di sopra un oculo centrale.
Sopra ai portali laterali, anch’essi con sistema misto (architrave ed arco a tutto sesto con lunetta mosaicata interposta) si aprono invece due ordini di monofore.
Ad eccezione di alcuni piatti ceramici gialli e verdi inseriti nel paramento murario esterno e della fascia intonacata sotto la cornice sommitale in archetti pensili tutti gli elementi sono in cotto. Concludono la facciata due pinnacoli sopra i contrafforti angolari e una croce in mezzeria.
I fianchi laterali e absidali sono scanditi da alti contrafforti che contrastano le spinte orizzontali delle volte. Internamente la chiesa è suddivisa in tre navate separate da otto massicci pilastri, di cui quattro in materiale lapideo naturale e quattro in laterizi su cui poggiano gli archi e le volte a crociera in parte costolonate.
Sul fianco della navata laterale sinistra si aprono tre cappelle laterali: la prima dedicata a Santa Caterina; la seconda dedicata alla Madonna del Rosario, la terza del Crocifisso.
La navata laterale destra non presenta vani delle dimensioni delle cappelle della navata sinistra, ma una serie di altarini e nicchie dedicate a diverse devozioni (San Grato, Sant’Antonio da Padova, la Madonna di Caravaggio, Santi Gioacchino e Sant’Anna).
Il presbiterio, rialzato di qualche gradino e separato dalla navata da una balaustra marmorea, è sovrastato dall’imponente struttura dell’altare settecentesco, realizzato in muratura su un ampio e alto podio e rivestito in marmo.
Ai lati dell’abside centrale, che conserva importanti lacerti di affresco sulle pareti e il Cristo benedicente nella catino, si aprono altre due absidi emicicliche contenenti a sinistra l’altare del Sacro Cuore di Gesù e a destra l’altare di San Giuseppe.
X – Una prima chiesa fu probabilmente già edificata nel X secolo, ma è solo nel 1140 che fu istituita l’abbazia dei Canonici regolari i quali, verso la fine del secolo, provvidero a ricostruire completamente il primitivo edificio.
XIV – Nel Trecento fu realizzato probabilmente l’affresco in parte conservato nel catino absidale, rappresentante Cristo benedicente.
XVI – Il campanile, che si erge a destra dell’abside sull’ultima campata della navata laterale destra, fu sopraelevato alla fine del secolo XVI.
XVI – La chiesa subì una ristrutturazione significativa, dettata da esigenze funzionali ed estetiche: vennero allargate le aperture, intonacate le pareti, rifatto l’altare maggiore a cui fu anteposta una balaustra in marmo.
1503 – Venne realizzata la prima cappella a sinistra dedicata a Santa Caterina. Sull’altare fu collocata un trittico attribuito alla cerchia del Bergognone (ora al Museo Diocesano) raffigurante santa Caterina, Sant’Agnese, santa Cecilia e Gian Marco Capponi in qualità di donatore. Oggi sulla parete destra della cappella destinata a Battistero è conservata una copia dell’opera.
1604 – Fu costruita la cappella del Rosario, seconda cappella laterale sinistra.
1722 – Nel 1772 il cardinale Pozzobonelli, prese accordi con Clemente XIV e l’imperatrice d’Austria, Maria Teresa, sopprimendo la canonica di Santa Maria di Crescenzago, che divenne semplice parrocchia.
1841 – Fu costruita la cappella del Crocifisso, terza cappella laterale sinistra. A metà del XIX secolo risale anche l’intervento di sopraelevazione della pavimentazione interna della chiesa.
1922 – La chiesa subì un intervento di restauro stilistico: vennero demolite in gran parte le aggiunte barocche, rimossi gli intonaci, vennero applicate alle pareti decorazioni in stile medievale. In particolare la facciata principale fu quasi interamente rifatta.
1923 – La chiesa venne consacrata l’otto settembre 1923 da mons. Videmari, delegato del cardinale Tosi.
1974 – Posa della lapide dei caduti nelle guerre mondiali nella cappella del Crocifisso, seconda cappella laterale sinistra.
1994 – A causa del compromesso stato conservativo degli interni, fu intrapresa una campagna diagnostica accurata che divenne la base conoscitiva per progettare l’intervento conservativo necessario. In tal modo furono analizzati i ricchi palinsesti stratigrafici della struttura.