X – Una prima chiesa fu probabilmente già edificata nel X secolo, ma è solo nel 1140 che fu istituita l’abbazia dei Canonici regolari i quali, verso la fine del secolo, provvidero a ricostruire completamente il primitivo edificio.
XIV – Nel Trecento fu realizzato probabilmente l’affresco in parte conservato nel catino absidale, rappresentante Cristo benedicente.
XVI – Il campanile, che si erge a destra dell’abside sull’ultima campata della navata laterale destra, fu sopraelevato alla fine del secolo XVI.
XVI – La chiesa subì una ristrutturazione significativa, dettata da esigenze funzionali ed estetiche: vennero allargate le aperture, intonacate le pareti, rifatto l’altare maggiore a cui fu anteposta una balaustra in marmo.
1503 – Venne realizzata la prima cappella a sinistra dedicata a Santa Caterina. Sull’altare fu collocata un trittico attribuito alla cerchia del Bergognone (ora al Museo Diocesano) raffigurante santa Caterina, Sant’Agnese, santa Cecilia e Gian Marco Capponi in qualità di donatore. Oggi sulla parete destra della cappella destinata a Battistero è conservata una copia dell’opera.
1604 – Fu costruita la cappella del Rosario, seconda cappella laterale sinistra.
1722 – Nel 1772 il cardinale Pozzobonelli, prese accordi con Clemente XIV e l’imperatrice d’Austria, Maria Teresa, sopprimendo la canonica di Santa Maria di Crescenzago, che divenne semplice parrocchia.
1841 – Fu costruita la cappella del Crocifisso, terza cappella laterale sinistra. A metà del XIX secolo risale anche l’intervento di sopraelevazione della pavimentazione interna della chiesa.
1922 – La chiesa subì un intervento di restauro stilistico: vennero demolite in gran parte le aggiunte barocche, rimossi gli intonaci, vennero applicate alle pareti decorazioni in stile medievale. In particolare la facciata principale fu quasi interamente rifatta.
1923 – La chiesa venne consacrata l’otto settembre 1923 da mons. Videmari, delegato del cardinale Tosi.
1974 – Posa della lapide dei caduti nelle guerre mondiali nella cappella del Crocifisso, seconda cappella laterale sinistra.
1994 – A causa del compromesso stato conservativo degli interni, fu intrapresa una campagna diagnostica accurata che divenne la base conoscitiva per progettare l’intervento conservativo necessario. In tal modo furono analizzati i ricchi palinsesti stratigrafici della struttura.

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