Oltre alle ordinarie attività pastorali (oratorio estivo, catechesi di iniziazione… ) hanno particolare rilievo e seguito gli incontri per gruppi di giovani anche non credenti guidati da una fedele laica e quelli del lunedì pomeriggio per anziani basati su una proposta di incontro intergenerazionale. Per gli adulti si sono tenuti alcuni incontri culturali, nei quali si è cercato di valorizzare la presenza in parrocchia di persone qualificate.
Nel marzo del 1996, durante la visita al decanato di Monza, il cardinal Martini ha visitato la parrocchia e nella sua lettera successiva ha incoraggiato le attività dell’oratorio, della catechesi per adulti e ha invitato a costituire la Caritas parrocchiale.
Nel febbraio del ’98 don Sergio viene nominato parroco della parrocchia di S. Giuseppe a Nova Milanese e dopo alcuni mesi in cui la parrocchia viene retta dal padre oblato don Ernesto Porta il 7 giugno 1998 inizia il suo ministero di parroco don Aldo Monga.
Egli, nonostante il doppio incarico di parroco e di insegnante, dedica tutte le sue energie alla cura pastorale e allo sviluppo della parrocchia, sia dal punto di vista materiale (sistemazione di impianti, aule, campi da gioco e della segreteria parrocchiale) sia sotto il profilo pastorale ed ecclesiale (rifondazione del bollettino parrocchiale, formazione di accoliti e ministranti, catechisti e ministri straordinari della Eucarestia).
Con il suo esempio di uomo di fede e con la notevole umanità manifestata nell’esercizio del suo ministero sacerdotale, don Aldo porta il gruppo di fedeli che frequentano la chiesa a costituire una comunità orante che si sforza di testimoniare il Vangelo.
Il 10 giugno 2003 il cardinale Dionigi Tettamanzi celebra la dedicazione della chiesa parrocchiale.
Nel settembre 2007 Don Aldo viene nominato Prevosto della Parrocchia di Varenna (LC).
Alla parrocchia viene annunciato che non verrà nominato un nuovo parroco, ma la parrocchia di S. Gemma entrerà a far parte di una Comunità Pastorale che verrà costituita con le parrocchie di S. Biagio e S. Pio X. La cura della Parrocchia è affidata a don Silvano Casiraghi, Parroco della vicina Parrocchia di S. Pio X, che assume l’incarico di Amministratore Parrocchiale e successivamente dal 1 dicembre 2007 a don Andrea Meregalli anche lui nominato Amministratore Parrocchiale.
In questo periodo le attività della parrocchia sono sostenute dal gruppo delle catechiste dell’I.C e da fedeli che si aggregano liberamente per animare la messa delle 10 o alcune feste e momenti di ritrovo o per sostenere iniziative caritative; un gruppo di anziani ha ripreso l’attività (catechesi, attività culturali, animazione) ; un gruppo di preghiera spontaneo.
La parrocchia ospita un gruppo di adulti di CL, di cui fanno parte alcuni parrocchiani, per la scuola di comunità e un gruppo decanale di AC (adulti-giovani) per il loro percorso formativo.
La parrocchia costituisce anche il punto di riferimento del Centro di Pastorale Universitaria.
L’8 gennaio 2009 viene costituita la Comunità pastorale “Ascensione del Signore” di cui è responsabile don Marco Oneta, il quale diventa parroco anche di S. Gemma. Don Andrea resta però come incaricato pastorale residente a S. Gemma poiché una scelta della neonata comunità è di lasciare in ogni parrocchia un sacerdote di riferimento.
La cura della Pastorale giovanile e dell’Oratorio passa a don Alberto Torriani, responsabile dell’Unità di Pastorale Giovanile.