esternamente l’edificio è caratterizzato da tre cilindri sovrapposti che si restringono dal basso verso l’alto, costruiti con pietre squadrate, disposte a corsi regolari, di provenienza locale: calcare bianco-rosato, ceppo del Brembo ed arenaria grigio- verde. Il corpo principale, il primo cilindro, è ornato da esili semicolonne, disposte a distanza irregolare, che terminano con capitelli lavorati e raccordati tra loro da archetti pensili. Il secondo cilindro è scandito da lesene a sezione rettangolare disposte ad intervalli regolari ed archetti pensili. Il terzo è costituito da una lanterna con quattro bifore. Il manto di copertura è costituito da lastre di ardesia. Il portale d’ingresso è strombato ad arco, con colonnine e bassorilievi che raffigurano piccoli uomini. Altre due porte si trovano sul lato sud: una, attualmente murata, metteva in comunicazione il monastero con il presbiterio e ha come architrave un blocco di arenaria decorato con archetti a doppio intreccio; l’altra, terminante ad arco con una leggera strombatura, ospita nella lunetta superiore un bassorilievo con rappresentato S. Tommaso apostolo, patrono della chiesa. L’interno è una pianta circolare caratterizzata da vano centrale, delimitato da otto colonne monolitiche e da ambulacro a corona circolare, coperto da volte a crociera poggianti sulle colonne centrali e sulle semicolonne addossate alla parete perimetrale. Sette nicchie ad arco, che probabilmente erano destinate ad accogliere delle statue, si inseriscono nel perimetro della chiesa a distanze irregolari. A sinistra dell’ingresso un affresco ancora leggibile rappresenta la Madonna in trono col Bambino. Due scale con accessi contrapposti, ricavate nello spessore del muro perimetrale, permettono l’accesso al matroneo che presenta anch’esso otto colonne e semicolonne, che creano un deambulatorio circolare chiuso da un largo parapetto in pietra, che sorregge le colonne, e si affaccia sul vano centrale del corpo inferiore. Ad est il matroneo presenta una grande nicchia ad arco ricavata nel muro nel cui catino compaiono tracce di un affresco trecentesco che raffigura l’Annunciazione. Sopra gli archi del matroneo s’innalza la cupola, che presenta, inseriti nella muratura, archi ribassati che servono anche a dare stabilità alla parte alta dell’edificio. Il presbiterio a pianta rettangolare e l’abside semicircolare sono costruiti con i medesimi materiali e tecniche della chiesa, ma con un apparato decorativo più ricco: archetti pensili intrecciati, mensole e fregi in cotto. La decorazione della rotonda é prevalentemente scultorea. I capitelli delle colonne, di diverse tipologie, sono splendidamente scolpiti, così come quelli che concludono le mezze colonne e le lesene disposte alle pareti: alcuni presentano decorazioni ad intreccio o motivi geometrici; altri corinzi ed altri ancora figurati, ad esempio con aquile o sirene a doppia coda, simboli dell’immortalità o del peccato. I capitelli delle colonne poste al matroneo, risalenti al XII secolo, sono diversi uno dall’altro e variamente scolpiti, con una più ricercata fattura stilistica: due rappresentano i simboli dei quattro evangelisti, altri sono decorati con foglie d’acanto, palmette o teste d’ariete; il più elaborato illustra, in quattro episodi, la storia biblica di Sara e Tobia.
V – con il diffondersi del cristianesimo in Almenno, nel V- VI secolo, venne edificata un’edicola religiosa nell’area di S. Tomè. Più tardi, intorno al IX secolo, sembra sia stata costruita la prima chiesa di S. Tomè, con pianta circolare. La notizia è confermata da alcuni documenti e dalla presenza di tombe dello stesso periodo
975 – la corte feudale di Almenno fu donata dai conti di Lecco al Vescovo di Bergamo e, con essa, pure la primitiva chiesa, che però venne abbandonata e ridotta ad un rudere
1150 – il Vescovo Gerardo decise la ricostruzione dell’edificio sulle fondamenta della rotonda precedente e con il riutilizzo di vari elementi architettonici
1180 – vennero portati a termine il presbiterio e l’abside, i tempi di costruzione furono piuttosto lunghi. In questo stesso periodo venne costruito, nell’area a sud attigua alla chiesa, un monastero femminile totalmente soggetto all’autorità del vescovo
1407 – il monastero entrò in crisi. Venne soppresso e i suoi beni incamerati dal vescovo, la chiesa ebbe una destinazione agricola e l’ex monastero divenne la casa del “massaro”
1536 – la chiesa e tutti i beni ad essa pertinenti vennro venduti alla parrocchia di Almenno S. Salvatore, dopo essere stata affidata alla custodia di vari eremiti. Per oltre quattro secoli il convento di S. Tomè è rimasto ai margini della vita religiosa locale e conteso tra le due parrocchie di Almenno S. Salvatore e S. Bartolomeo
XIX – i restauri più consistenti vennero effettuati verso la fine dell’Ottocento a cura dell’Ing. Elia Fornoni
1906 – la chiesa ed il convento vennero affidati definitivamente alla parrocchia di Almenno S. Bartolomeo
1932 – vennero eseguite alcune opere di manutenzione
1943 – vennero eseguite opere di restauro
2003 – viene revisionata la copertura del presbiterio, inoltre vengono eseguiti lavori di recupero-integrazione del manto di copertura
2012 – viene effettuato un restauro conservativo delle coperture ed effettuato un consolidamento strutturale
2015 – vengono eseguiti lavori di restauro conservativo interno