Separata dalla strada da un sagrato, la chiesa si presenta orientata liturgicamente con il suo fronte rivolto verso ovest. La facciata è di gusto rinascimentale composta di un’unica campitura e suddivisa in altezza in due ordini. La campitura nell’ordine inferiore è delimitata ai lati da due lesene in intonaco, poco in rilievo rispetto al piano della campitura. Un cordolo in arenaria molto semplice corre orizzontalmente come un marcapiano poco sopra la metà dell’altezza della facciata e divide l’ordine inferiore dal superiore.
Al centro dell’ordine inferiore è collocato l’unico ingresso alla chiesa dotato di un portale in arenaria sormontato da un timpano spezzato. Al centro tra le due ali del timpano poco più in alto una lapide porta in leggero rilievo lo stemma nobiliare dei conti Martinengo Colleoni. Il secondo ordine prosegue sempre in una unica campitura delimitata ai lati da due coppie di lesene che sommate danno la stessa larghezza della lesena sottostante, ma a differenza di questa sono entrambe complete di base e capitello, e reggono la conclusione della facciata costituita da un timpano triangolare. Al centro di questo ordine appoggiata al cordolo di arenaria vi è una trifora serliana in arenaria che da luce alla navata. Dato lo spessore del muro della facciata, sia l’apertura centrale ad arco come pure le due laterali poggiano su coppie copie di colonne (in totale otto) di arenaria. A sinistra della facciata ed addossata alla stessa vi è la torre campanaria dalle linee molto semplici ed austere, con i prospetti intonacati.
La chiesa ha una unica porta d’accesso, quella già descritta in facciata, completa di porta di sicurezza in legno a due battenti, seguita da bussola in abete dipinto con mordente a due battenti e superiori riquadri a vetro fissi. Attraverso questa porta si perviene al vano della chiesa che presenta un’unica navata, con le pareti d’ambito segnate da tre campiture ad arco, delle quali solo la terza si apre in due cappelle laterali discretamente profonde. Le pareti laterali della chiesa, al di sopra di queste campiture ad arco, presentano in leggero rilievo d’intonaco una trabeazione completa di fregio e cornicione non praticabile che serve da imposta alla volta a botte che copre la navata stessa, arricchita da una dipinta architettura che si apre in una visione di cielo con S. Marco in gloria. La parete di fondo presenta la finestra trifora serliana con le sue vetrate in vetri piombati in parte fisse ed in parte apribili a bilico per l’areazione della chiesa. Nella parete opposta, verso est si apre l’arco trionfale che mette nel presbiterio, di poco più ristretto della navata e di molto meno alto della navata stessa così che tra l’arco trionfale e la curvatura della volta che copre la navata è stato dipinto il Redentore in Croce circondato da angeli adoranti. L’arco trionfale poggia su due pilastri completi di basamento e di capitello. La quota del presbiterio è di tre gradini più elevata rispetto a quella della navata. La parete di fondo del presbiterio sopra il cornicione presenta una finestra termale con vetrate.
1575 – nella visita pastorale (martedì 4 ottobre 1575) San Carlo Borromeo fa riferimento ad un oratorio di San Marco prospiciente al Castello di Cavernago in non buone condizioni
1622 – il 24 giugno 1622 il vescovo Giovanni Emo consacrò la chiesa ricostruita completamente per volere di Francesco Martinengo Colleoni
1622 – in un atto notarile redatto da Alessandro Ghisleno notaio in Bergamo dell’8 luglio 1622 riporta la copia autentica dell’iscrizione posta all’interno della chiesa, eretta e dotata da Francesco Martinengo Colleoni conte di Cavernago e Malpaga e consacrata dal Vescovo Giovanni Emo
1646 – il 28 aprile 1646 vi fu la visita pastorale da parte del vescovo di Bergamo Luigi Grimani
1659 – il 7 novembre 1659 visita pastorale del vescovo – e futuro Santo – Gregorio Barbarigo
1667 – il 1 maggio 1667 visita pastorale di monsignor Daniele Giustiniani
1717 – l’8 maggio 1717 visita pastorale del vescovo cardinal Pietro Priuli, in cui dovette prender parte al lungo scontro per l’indipendenza della chiesa di Cavernago dalla parrocchia di Malpaga
1739 – il 27/28 maggio 1739 visita pastorale del vescovo mons. Redetti
1781 – nel giugno 1781 il vescovo Gian Paolo Dolfin visitò Malpaga; la visita si svolse come al solito tra funzioni religiose e controlli amministrativi, da cui tutto risultò in ordine
1826 – nel 1826 la chiesa venne restaurata per incarico del conte Francesco
1883 – nel 1883 la chiesa venne completamente ristuccata e pavimentata con mattoni per volontà del conte Venceslao
1909 – realizzazione della decorazione della volta sopra la navata della chiesa
1942 – restauro generale
1948 – la definitiva separazione dalla parrocchia di Malpaga e la conseguente erezione a parrocchiale della chiesa di San Marco in Cavernago si decise il 10 dicembre 1948 dal vescovo di Bergamo Adriano Bernareggi
1979 – restauro generale
1990 – realizzazione del nuovo impianto di riscaldamento
2016 – messa in sicurezza cella campanaria a seguito distacco e caduta intonaco e laterizio sul sagrato