Orientata liturgicamente, la parrocchiale presenta la sua facciata rivolta verso ovest preceduta da un ampio sagrato delimitato da un parapetto in muratura in borlanti di fiume disposti a lisca di pesce completato da una copertina in cemento sagomato. Vi si può accedere in tre punti: dal fronte principale e dai lati attraverso aperture delimitate da pilastrini in pietra artificiale. Il sagrato è pavimentato in selciato di ciottoli di fiume colorati e disposti secondo un disegno.
La facciata è divisa in due ordini architettonici. L’ordine inferiore è suddiviso da quattro lesene in tre settori e reggono un cornicione orizzontale. Il secondo ordine prosegue solo in corrispondenza del settore centrale delimitato da due lesene che reggono come coronamento un timpano curvo. I due settori laterali sono conclusi da un parapetto a modo di raccordo al settore centrale.
L’ordine inferiore al centro è preceduto da portico in muratura aperto su tre lati con arco a tutto sesto poggianti su colonne in granito complete di basamento. Sugli archi si imposta una tazza circolare dipinta a fresco. Il tutto è coperto da tetto a tre falde. Sotto il portico si apre l’ingresso principale realizzato con arco in muratura in opera su due ritti in marmo di Zandobbio recanti ciascuno lo stemma del Colleoni.
Nel secondo ordine, al centro dell’unico settore una finestra ad arco in muratura da luce alla navata. Sopra la finestra è stata incastonata una scultura raffigurante l’Agnus Dei.
Sul lato nord la chiesa presenta un lungo porticato con sei archi in muratura retti da colonne in arenaria poggianti su un parapetto continuo. Anche questo portico è pavimentato in pietrini di cemento e spiovente di tetto a vista, da qui si può accedere alla chiesa attraverso l’ingresso laterale oppure accedere alla torre campanaria ed ad una vecchia cappella adibita a ripostiglio.
Attraverso l’ingresso principale dotato di serramento in legno, seguito da bussola in legno, si perviene al vano della chiesa che presenta una navata suddivisa da lesene in quattro campate che ospitano quattro cappelle per lato. Sopra le lesene che separano le varie campate, partendo da quota molto alta, dopo un modesto capitello in stucco, proseguono le arcate a sesto acuto che reggono la copertura a due falde della chiesa.
La luce della navata perviene oltreché dalla finestra della facciata, anche da quattro per ogni lato, poste sopra le singole cappelle.
Il presbiterio è più ristretto della navata ed è rialzato di due gradini rispetto quest’ultima. Ha pianta quadrata coperta da tazza circolare, ed è illuminato da una finestra verso sud.
La sagrestia è collocata verso sud del presbiterio ed è coperta da volto a quattro vele.
1456 – la chiesa esiste dal 1456, anno in cui il Colleoni acquistò Malpaga, la quale potrebbe essere stata eretta proprio per quell’occasione
1555 – il 12 maggio 1555 vi fu la visita pastorale di mons. Vittore Soranzo
1575 – martedì 4 ottobre 1575, San Carlo Borromeo è in visita alla chiesa. Le condizioni della chiesa lasciavano alquanto a desiderare, infatti fu ordinato di: munire di serramento la finestra circolare in facciata, riparare il pavimento e costruire un sagrestia.
1579 – il 10 novembre 1579 vi fu la visita pastorale del vescovo mons. Gerolamo Regazzoni
1595 – il 25 settembre 1595 vi fu la visita pastorale del vescovo mons. Giovanni Milani
1614 – nel 1614 in occasione della visita pastorale del vescovo Giovanni Emo, si constatò che la sagrestia era finalmente stata realizzata
1645 – l’altare maggiore, in marmo nero, fu restaurato nel 1645
1646 – il 28 aprile 1646 visita pastorale del vescovo di Bergamo Luigi Grimani
1659 – il 7 novembre 1659 visita pastorale del vescovo – e futuro Santo – Gregorio Barbarigo
1659 – il 7 novembre 1659 visita pastorale di monsignor Daniele Giustiniani
1717 – l’8 maggio 1717 visita pastorale del vescovo cardinal Pietro Priuli, in cui dovette prender parte al lungo scontro per l’indipendenza della chiesa di Cavernago dalla parrocchia di Malpaga
1739 – il 19 maggio 1739 visita pastorale del vescovo mons. Redetti
1771 – nel 1771 la chiesa fu restaurata dai feudatari
1781 – nel giugno 1781 il vescovo Gian Paolo Dolfin visitò Malpaga; la visita si svolse come al solito tra funzioni religiose e controlli amministrativi, da cui tutto risultò in ordine
1887 – in un documento del 1887 viene riportato che la chiesa di Malpaga era “giuspatronato del conte Signor Antonio Roncalli di Bergamo, a motivo dell’acquisto fatto di questa tenuta dal conte Pietro Martinengo Colleoni. Il Predetto Conte Roncalli adempie sufficientemente ai corrispondenti obblighi riguardanti il mantenimento del parroco e della chiesa, meno per quanto riguarda il mantenimento del Cappellano, a cui sarebbe tenuto.”
1930 – agli inizi degli anni ’30 vennero ripristinati i soffitti e gli archi trasversali ad ogiva
1932 – la chiesa restaurata venne consacrata, sempre con il titolo di S. Giovanni Battista, il 3 settembre 1932 dal vescovo Adriano Bernareggi
1933 – restauro di affreschi
1934 – il campanile venne rialzato nel 1934 a opera dell’ing Luigi Angelini
1959 – nel 1959 venne leggermente ridimensionato il settecentesco portichetto sulla facciata principale; lavoro ad opera dell’ing. Luigi Angelini
1973 – restauro generale alle decorazioni della chiesa
1987 – intervento d’urgenza a protezione degli affreschi quattrocenteschi
1988 – realizzazione del nuovo impianto elettrico