La struttura è formata da una semplice aula con piccola abside rettangolare, leggermente disassata rispetto alla navata, in due campate coperte a botte con piccole lunette. Alla seconda campata sono accostate a sud la cappella laterale e a nord la sacrestia e la piccola torre campanaria. Sulla parete di destra si trova un’edicola che contiene la statua di S. Giovanni Battista. La cappella sinistra è dedicata alla Presentazione della Madonna. Sia la cappella laterale che il presbiterio sono chiusi da inferriate tardosecentesche con inserti in ottone. Il piccolo presbiterio, rialzato di un gradino, presenta un altare maggiore in marmi policromi. Esternamente la struttura è altrettanto semplice, la facciata a capanna presenta un portale in pietra e una finestra rettangolare posta nell’ordine superiore; tutte le superfici esterne sono intonacate e presentano una falsa zoccolatura, anch’essa in intonaco.
1455 – La chiesa di Vegno viene citata negli atti della visita pastorale dell’arcivescovo Gabriele Sforza del 1455.
1589 – Durante la visita pastorale del 1582 S. Carlo diede indicazione di erigere l’abside e di riedificare il tempio. I lavori ebbero inizio nel 1589 e terminarono entro la fine del secolo.
1600 – La costruzione del presbiterio avvenne intorno al 1600 grazie alla benefattrice Bernardina Cedro.
XVIII – La navata venne ad assumere l’aspetto che ha di massima conservato fino ad oggi nella seconda metà del XVIII sec., come indica l’anno di esecuzione (1765) inciso sull’architrave in pietra del portale.
1906 – Vennero eseguiti alcuni interventi di restauro della chiesa.
1931 – In quest’anno ci fu un’altra campagna di restauro e manutenzione della chiesa.
1983 – Gli interni furono restaurati nel 1983.
1991 – Ci fu una campagna di restauro degli esterni e delle coperture, oltre che del campanile.