L’imponente facciata di San Giovanni viene oggi mitigata e amalgamata allo sfondo dal ricco giardino che la precede, costituito da arbusti di media dimensione che parzialmente nascondono alla vista una chiesa a tre navate e relative cappelle laterali. La splendente decorazione di San Giovanni posta in facciata, tuttavia, non viene mai coperta, ciò permette alla chiesa di spiccare sempre in mezzo alla vegetazione.
XVII sec – La chiesa attuale sorge al posto di un oratorio più piccolo presente qui poiché Borgofranco faceva parte della parrocchia più grande di Bonizzo.
XVIII sec – Quando nacque la parrocchia di Borgofranco dallo smembramento di quella di Bonizzo si decise di sostituire l’oratorio esistente con una chiesa parrocchiale degna di tale nome. In questo modo facilmente si giustifica lo stile della chiesa, simile ad altre sue coeve.
1960 – Prassi comune a molte chiese del mantovano, in questi anni vennero aggiunti il sistema di riscaldamento, l’impianto elettrico e aggiunti gli arredi per l’adeguamento al culto.
2013 – La chiesa venne inaugurata dopo gli eventi sismici del 2012 il 30 marzo del 2014 come ricorda una targa presenta all’interno subito dopo l’ingresso.