La chiesa si presenta come semplice aula rettangolare con parete di accesso completamente vetrata. Le altre pareti presentano un rivestimento il materiale ceramico fino a due terzi di altezza, al di sopra sono intonacate con uno strollato cementizio; diversamente i pilastri liberi presenti all’interno del locale sono rivestiti con lastre lapidee. La zona presbiteriale, rialzata di un gradino rispetto all’aula, presenta un altare in muratura. Alle pareti sono appesi quadri e riproduzioni di Santi e della Madonna.
1950 – La chiesa di San Francesco fu costruita per rispondere alle esigenze della popolosa comunità di Affori, soprattutto per venire incontro alla popolazione anziana che era residente lontano dalla parrocchiale. Le chiese casa (o chiese domestiche) sono una tipologia molto particolare diffusasi a Milano a partire dalla fine degli anni Cinquanta, allestite nei quartieri popolosi dove risultava impossibile fare posto per una nuova chiesa.