L’antica chiesa è collocata sul lato ovest del sagrato della chiesa parrocchiale e forma un tutt’uno con la scuola dei Disciplini. La chiesa di San Bernardino è dotata verso il sagrato di un portico molto esile, aperto in quattro arcate a tutto sesto con colonne in pietra arenaria e capitelli quattrocenteschi. Sotto il portico vi sono due finestre ad arco con contorno svasato che danno luce all’interno della chiesa. L’ingresso principale a tutto sesto è anch’esso posto sotto il portico ed è preceduto da cinque gradini che scendono verso l’interno della chiesa. La decorazione del prospetto sotto il portico è realizzata a fresco, e ricorda il passaggio di San Bernardino, infatti è tradizione che abbia predicato in questa chiesa. Sopra la porta è incastonato nel muro in monogramma di San Bernardino; attorno a detta lapide è dipinta una Crocefissione con Maria Santissima e San Giovanni con San Bernardino da una parte e dall’altra San Francesco che riceve le stimmate e sotto San Bernardino con devoto. In un secondo riquadro, tra la porta e la prima finestra, è dipinto Sant’Antonio da Padova, mentre sopra la finestra è dipinta un’Annunciazione. Attraverso la porta principale si perviene al vano della chiesa che è a pianta rettangolare, coperta da volto a tutto sesto con le pareti interamente coperte di affreschi del quattrocento con circa trenta riquadri ed altri otto raffiguranti la vita di Gesù. Entrando a sinistra si apre con arco a sesto acuto il presbiterio a pianta quadrata, coperto da volto a crociera ad archi a sesto acuto. Sopra l’arco trionfale è dipinta la Crocefissione popolata da un numero elevato di figure, mentre nel sott’arco sono dipinti otto profeti. Negli spicchi delle vele della volta del presbiterio si alternano Dottori ed Evangelisti. Sulla parete di fondo si vede nella parte alta il Cristo benedicente e davanti è collocata l’antica ancona quattrocentesca con l’Annunciazione dell’angelo a Maria entro architettura gotica. Ai lati di detta ancona, a sinistra, è posta la statua di San Sebastiano ed a destra, la statua di San Bernardino in legno dorato con ai piedi tre mitre. Tra le statue e l’ancona, a completamento del fondo privo di pitture, sono collocate due ante in legno con dipinte le figure di profeti. Sul lato opposto al presbiterio è presente una grande apertura dotata di cancello in ferro che conduce alla cappella di San Bernardino o altrimenti chiamata scurolo.
1336 – L’Oratorio di S. Bernardino (consacrato inizialmente al mistero dell’Annunciazione), posto sul margine ovest del sagrato della Basilica di S. Maria Assunta, fu edificato dalla Confraternita dei Disciplini Bianchi costituitasi a Clusone, come in altri paesi del territorio bergamasco, dopo l’approvazione ufficiale (1336) da parte del Vescovo di Bergamo Cipriano Congo.
XV – fu ampliato all’inizio del sec. XV con un prolungamento sulla sinistra
1451 – nel 1451 subì il sopralzo della parte più antica
1452 – nel 1452 fu dedicato a S. Bernardino da Siena per onorare in lui, che un tempo appartenne ai Disciplinati della Confraternita di S. Maria in Siena, un valido protettore, e per ricordare la sua venuta a Clusone come predicatore e pacificatore.
1673 – Nel 1673, per destinare nuovo spazio alle riunioni dei Disciplini in continua espansione e alle attività del Consorzio della Misericordia e del Monte dell’Abbondanza aggregatisi fin dal 1540 alla Chiesa di S. Bernardino, si completò il sopralzo di tutto il complesso.
1742 – Tra il 1742 e il 1751, incorporando un’arcata del portico fu costruita una cappella-sepolcro per collocarvi le statue dei Fantoni, scolpite in quegli anni.
1807 – Con decreto del 14 marzo 1807, in esecuzione della legge del Regno Italico del 23 aprile 1806, la Confraternita dei Disciplini, come tante altre, fu soppressa e l’Arciprete Bartolomeo Furia nel 1811 ottenne dal Delegato per il Culto l’annessione di questo complesso architettonico alla Parrocchia di Clusone.
1832 – Nel 1832, venne deciso di effettuare nella parete ovest delle aperture per ricavare al di là vani da adibire a sacrestia
1868 – I primi lavori di conservazione e di restauro, iniziarono nel 1868
1903 – nel 1903 Giuliano Volpi, sotto la direzione dell’architetto Virginio Muzio, consolidò e ripulì gli affreschi esterni.
1908 – nel 1908 si demolì la cappella-sepolcro a ridosso del portico, sistemando il gruppo fantoniano nella parte più antica della Chiesa.
1957 – negli anni 1957-1958 si eseguirono importanti lavori di bonifica alle pareti interne affrescate con relativa pulitura dei dipinti
1970 – nel 1970 si rese necessario un altro delicato lavoro di consolidamento e ripulitura del «Trionfo e Danza della morte»; i lavori riportarono alla luce, nel contempo, alcuni resti del terzo scomparto del grande affresco, parte dell’arco della porta originale e, da sotto un rappezzo seicentesco dell’affresco, la sagomatura della finestrella esistente sopra la porta.
1972 – nel 1972 per decisione della Sovrintendenza per i beni artistici e storici, si eseguì lo strappo e il restauro degli affreschi del portico, ora collocati nell’interno.
1999 – a cavallo del nuovo millennio sono stati apportati diversi lavori di restauro alla chiesa