La chiesa di S. Maria ai tempi della sua fondazione era a campata unica con tetto a capanna. Ora la facciata priva d’intonaci ne dimostra la dimensione originale. Successivamente la chiesa venne ampliata con l’aggiunta dei due corpi laterali che contengono le cappelle laterali. Attualmente la chiesa di santa Maria in Commenda, dedicata all’Assunta, si presenta interamente circondata dal verde.
L’intera chiesa si presenta con mattoni a vista;la facciata può essere divisa in due fasce orizzontali: in quella inferioere è presente un piccolo pronao timpanato sorretto da due colonnette in granito che introduce al portale d’ingresso in legno. Nella parte superiore è presente un rosone a vetri e un timpano conclusivo.
L’interno, riccamente decorato da stucchi, alterna elementi decorativi settecenteschi a elementi originari quattrocenteschi. Si presenta a navata unica, sulle pareti, alternate a paraste del Settecento, vi sono le antiche murature e gli affreschi, recentemente ritrovati, con Santi che risalgono alla fine del Qauttrocento-Cinquecento.
Sono presenti quattro piccoli spazi, aventi la funzione di cappelle che ospitano affreschi ed altari votivi. Il soffitto si presenta a botte costolonato con quattro vele in corrispondenza delle finestre. La zona absidale si conclude a semicatino, anch’essa riccamente decorata.
1100 – I cavallieri di San Giovanni d’Oltremare (Cavallieri di Malta) edificarono la loro chiesa di Santa Maria sulla costiera del Lambro.
Commenda è una piccola frazione di Villanterio su un piccolo promontorio.
XVI – Sono stati eseguiti degli ampliamenti laterali che contengono le cappelle laterali.
1587 – Il campanile fu alzato di tre metri abbondanti ed ammodernato.
1650 – Alla fine del Seicento vennero aggiunti stucchi a decorazione della chiesa.
1700 – Dalla fine del Settecento Santa Maria della Commenda divenne Parrocchia.
2011 – Sono stati effettuati lavori di restauro conservativo per il recupero degli antichi affreschi.