situata lungo la strada provinciale, la chiesa un tempo era preceduta da un portico; quest’ultimo venne demolito dopo opere di allargamento della strada, lasciando posto ad un tetto in opera su mensole sporgenti in legno.
Posto centralmente nella parte inferiore della facciata, vi è il portale con ritti e architrave sagomati, completi di coronamento, fiancheggiato da due finestre di simil fattura complete di inferriate.
La chiesa presenta una pianta rettangolare suddivisa in tre navate da lesene con basi e capitelli in stucco, sopra i quali corre una trabeazione con fregio e cornicione e su cui si imposta l volta a botte che copre la navata; tre finestre per parte, due in ogni campata con relative strombature, illuminano la chiesa.
Le due navate laterali presentano entrambe tre cappelle per parte, aperte ad arco verso la navata centrale e coperte da volta a botte.
Nella prima campata sono posizionati i confessionali; nella seconda campata vi sono due ingressi laterali. Segue la terza campata con a destra la cappella della B.V. di Caravaggio e S. Marco Evangelista, mentre a sinistra sono posizionati cinque gradini che conducono alla sacrestia.
Il presbiterio ha pianta rettangolare ed è sopraelevato rispetto alla navata di cinque gradini; l’altare è posto sulla parete di fondo del presbiterio
1655 – Bartolomeo Benzoni fu parroco a S. Pellegrino per più di cinquant’anni (1655-1707) e ricorda che, sul luogo dove oggi c’è la chiesa, aveva trovato una piccola cappella dedicata a S. Marco, patrono di Venezia, al cui governo appartenenza fin dal 1428 il territorio bergamasco.
1699 – nel 1699 il vescovo di Bergamo Ruzini, durante la visita pastorale, vede la piccola chiesa in cattivo stato e ne ordina la chiusura finché non verrà sistemata. Il sacerdote don Antonio Bertoletti fu il promotore dei primi restauri della chiesa. Sull’altare, però, anziché mettere l’immagine di prima, fece mettere il quadro che da un lato ha la Madonna di Caravaggio mentre dall’altro S. Marco.
1700 – nel 1701, viste le esigue dimensioni della chiesa, si pensò di ingrandirla. Praticamente venne fatta una chiesa nuova: vi si lavorò per quattordici anni.
1886 – il giorno 30 agosto 1886, considerato che la chiesa aveva bisogno di essere ampliata per la numerosa frequenza di fedeli, venne stipulato un contratto per fare una piccola navata (quella davanti all’attuale porta della sagrestia), di formare un piccolo corridoio, di traslocare il pulpito e l’organo e di dare una nuova forma alla sagrestia.
1932 – in occasione del quinto centenario dell’Apparizione, venne effettuato un restauro generale: vennero rifatte le facciate esterne, mentre internamente vennero riprese le decorazioni, le pitture e le dorature.
1943 – nel 1943 il governo fascista requisì le campane per farne strumenti di guerra. Nel 1949 ne furono installate tre con relativo castello campanario in ferro. Furono consacrate, unitamente a quelle delle altre chiese di S. Pellegrino, dal vescovo Bernareggi il 15 agosto
1962 – vengono intrapresi una serie di interventi di restauro voluti dal parroco Dossi. Si tolgono le due cantorie ed il pulpito e viene modificata la nicchia della Madonna e viene rifatta la decorazione e la tinteggiatura della chiesa; all’esterno, sopra la porta principale, viene montato il piccolo porticato, infin viene sistemata la piccola piazza posta sul fianco della chiesa.
1981 – viene posata una nuova lapide commemorativa
1998 – viene effettuata la ricorritura del tetto della chiesa