L’edificio presenta la sua facciata rivolta verso est, preceduta da un ampio sagrato, il quale si presenta suddiviso da strisce in marmo di Zandobbio in rampi riquadri disposti in diagonale e pavimentato in ciottoli di fiume. La chiesa presenta una facciata realizzata in marmo di Zandobbio ed è suddivisa in due ordini, quello inferiore in stile dorico e quello superiore ionico. Verticalmente la facciata è divisa in tre settori da quattro lesene e contro-lesene; le due lesene centrali sono precedute, in entrambi i due ordini, da colonne a tutto tondo complete di base e capitello allo scopo di rendere architettonicamente più importante il settore centrale che, al livello inferiore, ospita il portale d’ingresso sormontato da timpano sagomato. I due settori laterali inferiori presentano due finestre con contorno in marmo di Zandobbio sagomato in stile settecentesco complete di coronamento con gocciolatoio; precedentemente tali finestre erano ingressi secondari, ridotte poi a finestre con l’aggiunta di un parapetto. Sopra le finestre due pannelli in alto rilievo raffigurano a destra la Madonna che appare ad un santo Sacerdote e a sinistra Cristo Crocifisso che si rivolge a S. Francesco. Una trabeazione seguita da fregi e cornicione conclude l’ordine inferiore e fa da basamento all’ordine. Anche in questo ordine due colonne a tutto tondo precedono le lesene del settore centrale, che ospita una finestra a forma di edicola con architrave ad arco sormontato da coronamento ad arco. Le due finestre poste nei settori laterali sono ovali.
Una seconda trabeazione seguita da fregio e cornicione conclude il secondo ordine, il settore centrale è a sua volta sormontato da un grande timpano curvo che sopravanza la linea della facciata poggiando sulle colonne descritte nei due ordini. In corrispondenza delle lesene sono collocate le cinque statue di S. Maria, S. Pietro, S. Antonio abate, S. Alessandro, mentre al centro sopra il timpano curvo vi è l’Immacolata.
Leggermente arretrato rispetto alla chiesa, sul lato destro, vi è il portico: esso è aperto con un’arcata verso est e tre arcate verso nord in cotto, poggianti su colonne cinquecentesche in pietra di Sarnico con capitelli.
Internamente la chiesa ha pianta a croce latina con la navata costituita da una sola campata divisa in tre settori da riquadrature decorative: sopra il cornicione si imposta la volta a botte. La navata presenta un restringimento, aperto ad arco verso il transetto, coperto da cupola ottagonale a lati diseguali con motivi architettonici e dotata di quattro finestre ovali. Ai lati del transetto vi sono le due cappelle secondarie della chiesa: quella a sinistra è dedicata al S. Crocifisso; essa è molto profonda e ha pianta rettangolare con un piccolo presbiterio. La cappella di destra invece è dedicata alla Madonna ed ha le stesse caratteristiche di quella dedicata a S. Crocifisso.
Segue con la sua pianta rettangolare e volta a botte il presbiterio, aperto ad arco verso il transetto ed è in rilievo di due gradini rispetto a quest’ultimo; al centro è presente l’altare maggiore seguito da piccolo coro. Due porte dal presbiterio conducono al ripostiglio a sinistra e alla sagrestia a destra.
1170 – l’assistenza agli esposti a Bergamo era già dal 1170 affidata al convento dei Crociferi in Borgo Santo Stefano con un privilegio del vescovo Guala. Nel 1458 il Vescovo di Bergamo e il Magnifico Consiglio decisero di costruire in città un unico ospedale intitolato a Santa Maria Vergine e San Marco. Furono quindi soppressi gli undici ospedali presenti in città incamerandone i beni che vennero usati (insieme a fondi derivanti dal vescovado e dalla città) per la costruzione del nuovo ospedale. Tra gli ospedali soppressi c’era anche quello di Santa Maria Maggiore (presso la vicinia di Antescolis) al quale vennero affidati, e dove vennero trasferiti, dal 1460, gli esposti.
1469 – si pensò di costruire l’ospedale di S. Maria e S. Marco sul “Belfonte dei Rivola al Pozzo Bianco” ma il luogo fu scartato perché scomodo; isuccessivamente venne presentato uni progetto sito in via S. Grata ampliando quello di S. Maria Maggiore, ma anche questa ipotesi venne scartata poiché il posto presentava i medesimi difetti dell’idea precedente.Nel 1473 venne avanzata l’idea di edificare l’ospedale a S. Spirito ma il luogo era anch’esso scomodo.
1474 – La posa della prima pietra del nuovo Ospedale in località “Prato di Sant’Alessandro”, avvenne il 12 giugno 1474 ma i lavori furono sospesi per altri cinque anni ed ebbero alterne vicende anche a seguito di eventi storici. Nel 1504 iniziarono i lavori di costruzione della chiesa su progetto di Pietro Isabello, il quale progettò anche altri luoghi adiacenti ad essa.
1710 – la fronte larga e leggermente concava, a due ordini, è opera dell’arch. Giovanni Ruggeri
1938 – vengono eseguiti lavori di ristrutturazione sulla chiesa e sue adiacenze della stessa.
1941 – nuovo altare maggiore in marmo per la chiesa
1949 – sistemazione del sagrato dlla chiesa di S. Marco
1955 – il campanile viene sopralzato
1957 – vengono posate le nuove porte in bronzo
1976 – vengono effettuati lavori di ripristino e ricucitura sui ai tetti della chiesa
1978 – viene installato un nuovo impianto di riscaldamento
1981 – vengono elettrificate le campane del campanile
1987 – il presbiterio viene restaurato
1995 – vengono restaurati gli affreschi interni della chiesa
1999 – viene eseguito un restauro conservativo sulle statue ed un fine lavoro di pulitura sulla facciata
2013 – intervento conservativo sugli affreschi interni a seguito di infiltrazioni d’acqua
2006 – rifacimento impianto di riscaldamento