la chiesa è suddivisa in tre navate, delle quali la centrale più ampia, divise a loro volta da quattro arcate a sesto acuto in cinque campate, tutte coperte da volte a crociera con relative nervature. Le due navate laterali comunicano con la navata centrale tramite cinque arcate poggianti su pilastri e ricevono la luce da due finestre per parte ad arco, svasate all’interno. Ambedue le navate si trasformano in due cappelle secondarie, i cui altari sono addossati alle pareti d’ambito della chiesa.
Più in particolare: in contro facciata, sopra la bussola d’ingresso, si trova il dipinto ad olio raffigurante l’Annunciazione mentre nella parte bassa sono collocate le pietre sepolcrali: la prima a sinistra ha solo lo stemma di un’aquila; la seconda presenta uno stemma nobiliare; la terza custodisce lo stemma entro grande cornice circolare.
La prima campata nelle due piccole navate laterali presenta a destra, chiuso da cancellata, il fonte battesimale; a sinistra troviamo il monumento funebre cinquecentesco di Alessandro Bartolomeo Colleoni. La seconda, la terza e la quarta cappella presentano tele appese raffiguranti S. Sebastiano e S. Giovanni Battista della scuola del Caravaggio. Nella quarta campata a destra si trovano affreschi del ‘400 raffiguranti gli Apostoli tra i quali gli evangelisti e S. Bartolomeo con il coltello del martirio in mano. Nella quinta campata troviamo a destra la cappella dedicata alla Madonna e Santi, ed è dotata di altare settecentesco in marmi policromi; a sinistra invece è presente l’altare settecentesco con la statua di S. Giuseppe e del Bambino Gesù. La parete di fondo della navata di destra presenta l’ingresso alla sagrestia, mentre quello di sinistra ospita l’accesso al campanile.
La quinta campata funge da transetto e la parte centrale costituisce già la parte avanzata del presbiterio; quest’ultimo è sopraelevato rispetto alla navata di cinque gradini ed ha pianta quadrata, coperto da volta a vela incrociate e si completa in un’ abside semiottagonale.
1356 – seguito dell’apparizione della Madonna, avvenuta tra il 7 e il 17 aprile 1356, fu dato immediato corso alla costruzione della chiesa con la posa della prima pietra fatta nello stesso anno dal Vescovo De’ Saliverti. Dopo pochi mesi, il 14 ottobre, la chiesa venne consacrata
1460 – Bartolomeo Colleoni si interessò della chiesa e, trovandola inadatta alle esigenze e ai bisogni della popolazione, la fece ampliare. Inoltre dispose che venissero costruite abitazioni in vicinanza della chiesa e che fossero i Padri Domenicani a prendersene cura
1494 – a causa dei lasciti che si susseguirono negli anni a favore dei Padri Domenicani della Basella, il rapporto con i loro Superiori del Monastero di S. Stefano si incrinò, portando ad una divisione netta tra loro e quella che ormai era un vero e proprio priorato del Monastero della Basella
1561 – per ordine del generale Sforza Pallavicino, furono smantellate e rase al suolo le costruzioni contigue alla cinta, tra cui la chiesa e il convento di S. Stefano.
I Padri di Bergamo, rimasti senza tetto, si rivolsero ai confratelli della Basella
1787 – nel febbraio 1787 la proprietà è attribuita alla famiglia Martinengo (conte Gherardo) mentre nel 1808 viene venduto a Gaetano Venini ed in fine il parroco di Locatelli di Urgnano acquisisce la chiesa il 12 gennaio 1875
1885 – Tutto continuò fino al 1784, quando il convento fu soppresso dalla Repubblica Veneta. Cento anni dopo il parroco di Urgnano si riappropriò della chiesa e del convento e cominciò i restauri
1913 – viene restaurata la facciata
1920 – nel 1920 il convento fu affidato ai Padri Passionisti. Nel 1921 vi fu la cerimonia dell’incoronazione del gruppo statuario del santuario
1921 – l’8 settembre avvenne l’incoronazione del simulacro della Vergine, alla presenza di tre cardinali e del giovane prelato Angelo Roncalli, futuro papa Giovanni XXIII
1955 – vennero eseguiti alcuni restauri pittorici; il presbiterio venne allungato e la scalinata principale venne adeguata
1971 – viene ristrutturato il presbiterio
1997 – intervento alla facciata con rifacimento dell’intonaco, pulizia delle decorazioni in cotto e trattamenti deumidificanti sulla zoccolatura
2001 – vengono eseguiti interventi di ristrutturazione al campanile
2003 – ricorritura della copertura in cotto, rimozione della malta ammalorata, sostituzione e riassetto dei laterizi rotti e danneggiati, interventi vari di pulizia e opere di tinteggiatura
2006 – formazione vespaio, rifacimento impianto di riscaldamento e pavimentazione