XII – La chiesa con il titolo di S. Pietro in Gerenzano compare in una fonte del 1178, con i nomi di diaconi, chierici e canonici ad essa riferiti. Nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani (fine XIII-inizio XIV sec.), repertorio di chiese ed altari della Diocesi di Milano compilato da G. Da Bussero, la chiesa di S. Pietro in Gerenzano è citata tra le dipendenze della pieve di Appiano Gentile, ed aveva un collegio canonicale. La Notitiae Cleri Mediolanensis del 1398 la riporta infatti come canonica.
1579 – L’edificio è descritto negli atti della visita di Vincenzo Antonio, delegato da S. Carlo Borromeo. Secondo questa descrizione, la chiesa si presentava a tre navate, concluse da absidi semicircolari, con dimensioni di circa m. 24 x 15; vi erano il campanile e la sacrestia. L’altare maggiore, dove si celebrava ogni giorno, si trovava nella cappella maggiore, volta ad oriente, non affrescata, ma imbiancata. Vi erano l’altare di S. Caterina, con un dipinto raffigurante la Beata Vergine e Santi; l’altare di S. Zenone, a meridione, sul quale non si celebrava, e l’altare di S. Stefano, di giuspatronato della famiglia Crivelli.
1685 – Nel 1685 il cardinale Federico Borromeo, in visita pastorale a Gerenzano, negli atti di visita descrive accuratamente la chiesa, dedicata a S. Pietro e a S. Paolo, che si presentava a tre navate, ma con un aumento nel numero di altari, ora pari a sei.

1747 – Negli atti di visita del cardinale Giuseppe Pozzobonelli, è redatta una nuova descrizione accurata della chiesa, che appariva restaurata, ampliata ed estesa in lunghezza.
1818 – Un documento del 9 maggio 1818 riporta che a lato della chiesa era stato eretto, grazie alle elemosine di alcuni devoti, un piccolo oratorio, comunicante con la chiesa, in origine ad uso della confraternita del Santissimo Sacramento, ma che ora la fabbriceria della Parrocchia di Gerenzano intendeva rendere pubblico, costruendovi un altare. Questo oratorio alla fine del XIX sec. infatti è denominato Cappella della Madonna del Rosario.
1854 – L’intervento di ampliamento dell’Ing. Ignazio Corti del 1854, terminato nel 1865, comprese l’aggiunta di due campate ed il progetto di rifacimento della facciata.
1911 – Negli anni dal 1911 al 1913 la chiesa fu ulteriormente ampliata.
1943 – La decorazione pittorica degli interni iniziò nel 1943, nonostante il difficile periodo di guerra, per terminare dopo circa tre anni, ad opera del pittore Umberto Marigliani di Bergamo, coadiuvato da allievi.
1995 – Un intervento di sistemazione della copertura è effettuato verso il 1995.
2000 – Un intervento di consolidamento del campanile è effettuato verso il 2000.

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